先给结论：一个管“做”，一个管“卖”。SC 证是食品生产许可证，发给把原料加工成食品的生产者；食品经营许可证发给销售食品和提供餐饮服务的经营者。两者的法律依据、编号、载明事项、审批重点都不一样，罚则倒是一样重。
编号一眼能分清
食品生产许可证编号由 SC（“生产”）加 14 位阿拉伯数字组成：3 位食品类别编码、2 位省码、2 位市码、2 位县码、4 位顺序码、1 位校验码（《食品生产许可管理办法》第三十条）。第一位表示识别码，1 是食品、2 是食品添加剂。
食品经营许可证编号由 JY（“经营”）加 14 位阿拉伯数字组成：1 位主体业态代码、2 位省码、2 位市码、2 位县码、6 位顺序码、1 位校验码（《食品经营许可和备案管理办法》第二十七条）。看一眼编号开头，就知道这家是生产者还是经营者。
发证层级和适用对象
SC 证由县级以上地方市场监管部门负责，多数食品类别由设区的市级核发，保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方食品等特殊食品一般由省级负责，具体以本省公布的许可权限划分为准；它实行一企一证，同一个生产者从事食品生产只发一个证，按 粮食加工品、食用油、肉制品、饮料、酒类等类别分类许可。
食品经营许可证由县级以上地方市场监管部门按属地核发，实行一地一证——在不同经营场所从事经营活动，要分别取得许可或备案。主体业态分为食品销售经营者、餐饮服务经营者、集中用餐单位食堂三类，主体业态不可复选，经营项目则可以复选。
有效期与审查差异
两者有效期均为 5 年，作出决定的时限也都是自受理之日起 10 个工作日内（可延长 5 个工作日），准予许可后 5 个工作日内发证。不同的是审查重点：SC 证按类别适用生产许可审查细则，看厂房、设备、工艺流程、检验能力这些“能不能稳定产出合格品”的条件；食品经营许可看场所、设备设施、布局和流程这些“会不会污染食品”的条件，简单的解冻、加热、冲调、组合、摆盘、洗切可以适当简化审查，但生食类、冷加工糕点、冷荤类等高风险制售不适用。
还有一处细节：食品经营许可申请包含预包装食品销售的，其中预包装食品销售项目不需要现场核查。
两个容易搞混的交叉点
其一，已经取得食品生产许可的生产者，在其生产加工场所或者通过网络销售其生产的食品，不需要再办食品经营许可证；销售自产的预包装食品，也不需要另行备案。
其二，餐饮店不能顺手当工厂。在自己店里加工、现场供餐属于餐饮服务，靠经营许可覆盖；一旦把加工好的食品包装起来批量批发、送进商超流通，就不再属于餐饮服务的经营范围，多数情形需要另行申请生产许可，具体以属地认定为准。
最后提醒罚则：无证生产和无证经营的处罚是同一条——《食品安全法》第一百二十二条第一款，没收违法所得和违法生产经营的食品、工具设备等，货值不足一万元的并处五万元以上十万元以下罚款，一万元以上的并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。
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