专利权归谁，是这两种选择的根本差别，其他差异都是由它延伸出来的。
专利权归属：一个归个人，一个归公司
以个人名义申请，专利属于个人财产，可以自己转让、许可，也可以继承，公司经营出问题都不影响它。以公司名义申请，专利属于法人财产，员工离职带不走，同时它也是公司的资产，可以用于质押融资。
需要特别留意职务发明。员工执行本职工作，或者主要利用公司的物质技术条件完成的发明创造，申请专利的权利本来就属于公司。这类成果若用个人名义去申请，公司随时可以主张权属，属于无效操作，也是实践中最常见的专利纠纷来源。
费减条件、资质用途和税负都不一样
费减比例其实是相同的：单个申请人无论个人还是公司，一律减缴 85%，两个及以上共有才降为 70%。区别在资格门槛——个人看上年度年收入是否低于 6 万元，企业看上年度应纳税所得额是否低于 100 万元。可以减缴的是申请费、发明专利实质审查费、复审费，以及授权当年起 10 年内的年费。
用途上两者几乎不通用。高新技术企业认定、专精特新申报、科技型中小企业评价、招投标，认的都是公司名下的专利；个人名下的专利在这些场景里用不上，它的价值体现在个人评职称和部分城市的落户积分上。
转让的税负也不同。个人转让专利，按财产转让所得缴纳 20% 的个人所得税；公司转让涉及企业所得税，但技术转让所得在 500 万元以内可以免征。
怎么选
一句话判断：属于职务发明的，只能以公司名义申请；纯属个人业余完成、想自己长期持有的，可以放在个人名下，但要接受它在公司资质场景中用不上这个短板。实践中还有第三种做法——先以个人名义申请，公司稳定后再办理著录事项变更，把专利权转入公司名下。
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